En la era pre-genómica, cuando las técnicas moleculares no estaban desarrolladas o no se conocía mucho sobre ellas, la clasificación utilizada se basaba mayormente en características observables. Algunas de estas incluían características fenotípicas tales como la tinción Gram, morfología, motilidad, estructura, entre otros. Los grupos se clasificaban en bacterias fototróficas, deslizantes, envainadas, con apéndices, espiroquetas, bacterias espirales o curvas, cocos y bacilos gram negativos aeróbicos, bacilos gram negativos anaeróbicos facultativos, gran negativos anaeróbicos, cocos y cocobacilos gran negativos, bacterias quimiolitotróficas gram negativas, bacterias productoras de metano, cocos gram positivos, formadores de endoesporas, no formadores de esporas, actinomicetos, micoplasmas y rickettsias.
En la actualidad, esta clasificación pasó a un segundo plano ya que con los avances tecnológicos ha surgido una nueva manera de caracterización que toma en cuenta características genotípicas. Algunas de estas técnicas son secuenciación, PCR, amplificación del gen 16S RNA, rDNA, entre otras. Mediante las mismas se erradica la desventaja de clasificar solamente los organismos cultivables, los cuales forman aproximadamente menos del 1% de los microorganismos. La nueva clasificación incluye: bacterias gram positivas, bacterias verdes no sulfurosas, mitocondrias, proteobacterias, cloroplastos, cianobacterias, flavobacterias, termótogas, termodesulfobacterium y aquifex.
Arriba el árbol filogenético de los tres dominios que se muestra en la 10a Edición de Biología de los Microorganismos de Brock.
